汽車工程系是汽車工程職業學院的重點品牌專業系，是山東省十大實訓基地之一，被國家六部委確定為汽車運用與維修專業技能型緊缺人才培養培訓基地之一。 現設有汽車制造與裝配技術、汽車檢測與維修技術和汽車整形技術三個專業，在校生2289人。
汽車工程系利用世行貸款購置及教育部財政部獎勵的設備價值達600余萬元，擁有汽車電控綜合實驗室、汽車檢測實訓室、鈑金與涂裝實訓室、自動變速器實訓室、汽車電氣實訓室、發動機構造與維修實訓室、底盤構造與維修實訓室、電控發動機實訓室，擁有各型現代汽車實訓臺、檢測診斷儀器和維修設備150多臺套，為學生掌握汽車制造、運用與維修技術創造了優良條件。
汽車工程系現有教師92人，其中副教授以上職稱者10人；具有碩士及以上學位者41人；32人擁有汽車維修高級工證書或技師證書。有全國機械職業教育汽車專業教學指導委員會委員1人；有3名專業教師取得了德國汽車行會的證書；有教育部和山東省資助青年骨干教師國外訪問學者5人；同時從企業聘請兼職教師20余人。