至此，自1952年院系調整以來所形成的四校分治的局面結束了。浙江大學由此停止了對蘇聯模式的使用，恢復了1952年之前的學科設置，重新成為了綜合性大學。
1999年，浙江大學成為首批9所列入國家“985工程”建設計劃的全國重點大學之一。
2007年1月21日，浙江大學恢復了1952年院系調整時停辦的航空航天系，該系隸屬于新成立的航空航天學院。
2009年上半年，浙江大學實行了學部制，全校調整為七大學部——人文學部、社會科學學部、理學部、工學部、信息學部、農業生命環境學部、醫藥學部。10月9日，中國的九校聯盟（C9）啟動，浙江大學成為聯盟成員之一。
2012年6月10日，浙江大學成立了海洋學院，學院由海洋科學系、海洋工程學系、海洋信息學系和海洋經濟管理系組成，隸屬于工學部，位于浙大新成立的舟山校區。
2013年5月15日，浙江大學與英國帝國理工學院就建立聯合學院事宜簽署了“浙江大學——帝國理工聯合學院合作諒解備忘錄”，浙江大學成為中國首個在世界名校建立海外校區的高校。
2017年9月，浙江大學入選國家“雙一流”A類（世界一流大學和一流學科）建設高校。