學科門類齊全、特色鮮明。現設有學院26個，研究所(中心)15個，國家重點實驗室（籌）1個，涵蓋農學、理學、工學、經濟學、管理學、醫學、文學、教育學、法學、藝術學10大學科門類。有博士后科研流動站7個，博士學位授權一級學科11個、二級學科48個，碩士學位授權一級學科18個、二級學科87個，專業學位授予類別8個，本科專業91個；國家重點學科和重點培育學科4個，部省重點學科19個。
2005年學校被確定為全國援疆學科建設計劃40所重點高校之一。根據2017年全國第四輪學科評估結果綜合計分，學校在全國農林高校、在川高校中分別位居第7、第4。
從2015年起，農業科學、植物學與動物學2個學科ESI排名持續穩定保持世界前1%。2017年動物營養與飼養科學、2018年作物學入選全國高等院校學科創新引智計劃（111計劃）。