1、概念不同
今文學派是兩漢間以儒家經(jīng)書研究而形成的學派，它的出現(xiàn)需溯源至秦始皇的思想政策。今文經(jīng)，則指漢初由老儒背誦，口耳相傳的經(jīng)文與解釋，由弟子用當時的隸書(今文)記錄下來的經(jīng)典。
古文經(jīng)學，是經(jīng)學中研究古文經(jīng)籍的學術(shù)流派。與“今文經(jīng)學”相對。古文經(jīng)，指秦始皇統(tǒng)一中國以前的儒家經(jīng)書。
2、形成方式不同
今文經(jīng)指漢初由儒生口傳，并用當時流行的隸書記錄下來的經(jīng)籍。
古文經(jīng)指漢代前期從民間征集或孔子故宅壁間所發(fā)現(xiàn)的用先秦古籀文字寫成的經(jīng)籍。
3、對孔子態(tài)度不同
今文經(jīng)學認為六經(jīng)皆孔子所作，視孔子為托古改制的“素王”；注重闡發(fā)經(jīng)文的“微言大義”，主張通經(jīng)致用；以董仲舒、何休等為代表，最重《春秋公羊傳》。
古文經(jīng)學崇奉周公，視孔子為“述而不作，信而好古”的先師；偏重訓詁，與現(xiàn)實政治問題聯(lián)系較弱；以劉歆、賈逵等為代表，最重《周禮》。
4、經(jīng)典順序不同
今文經(jīng)學視孔子為教育家、思想家，所以將五經(jīng)順序定為《詩》、《書》、《禮》、《易》、《春秋》，由淺入深；古文經(jīng)學視孔子為史學家，將五經(jīng)順序定為《易》、《書》、《詩》、《禮》、《春秋》，按時間順序排列。錢穆先生認為今古文經(jīng)學之爭始于利益之爭，當是定論之言。
5、興盛衰落不同
漢武帝所立五經(jīng)博士皆為今文經(jīng)學，今文經(jīng)學長期壟斷漢代官學。后今文經(jīng)學逐漸陷入了僵化和煩瑣，且又與讖緯結(jié)合，流于妄誕，西漢后期見衰。
古文經(jīng)學卻不斷發(fā)展壯大，王莽當政時一度得立學官，東漢后期逐成壓倒今文經(jīng)學之勢。
漢末，古文經(jīng)學家馬融、鄭玄兼采今、古文之說，今、古文之爭遂息。至清代，今、古文經(jīng)學之爭再起，古文經(jīng)學的治學路數(shù)為乾嘉學派和章太炎等所發(fā)揚，今文經(jīng)學則為常州學派所復興，并最終成為康有為推動變法維新的理論依據(jù)。
今文經(jīng)學的影響
自從經(jīng)學研究成為官方肯定的專業(yè)學問之后，就已顯示了政府與學者都將以之為政治措施的觀念來源，而這也正是先秦以來的儒家學派的根本關(guān)懷，然而在今文經(jīng)學家的學術(shù)風氣上，尤其以董仲舒的春秋學理論建構(gòu)肇其端，既重視春秋中微言大義的引申于時政之上，又強調(diào)天人感應之神學目的論世界觀，在配合了西漢宗教迷信發(fā)達的時代風氣之下，今文經(jīng)學家的理論遂提供了讖緯迷信之術(shù)的發(fā)展空間。
同時在對政治措施的影響方式上，逐漸與讖緯神學合匯，尤其是王莽與劉秀在奪取政權(quán)之際皆公開利用，甚至將若干讖語編為官書明白昭告，都是使讖緯之術(shù)發(fā)達的因素，這樣的政治風氣顯然不是歷史的常道。
今文經(jīng)學的這種研究風氣，直至東漢末年經(jīng)學大師鄭玄等融合今古文經(jīng)學的學風出現(xiàn)后而告中斷，而讖語之術(shù)雖經(jīng)兩漢以后歷朝的明令禁止，卻仍保留在道教傳統(tǒng)中，以各種不同形式的神學迷信方式，持續(xù)地影響著中國的政治歷史。