學前身為1955年創建的山東省中醫研究所研究班和1956年創建的山東省中醫進修學校。1958年，經山東省人民委員會批準創建山東中醫學院。1996年，經國家教育委員會批準更名為山東中醫藥大學。
截至2020年7月，學校擁有三個校區，總占地2000余畝，建筑面積53.9萬平方米；圖書館館藏紙質圖書203.9萬冊、電子圖書79.7萬冊、古籍善本近3萬冊；設置17個教學機構、5個科研機構、4個教輔機構，有3所直屬附屬醫院、20所非直屬附屬醫院、22所教學醫院；擁有33個本科專業、3個博士后科研流動站、3個一級學科博士學位授權點、15個二級學科博士學位授權點、9個一級學科碩士學位授權點、46個二級學科碩士學位授權點；全日制在校生22000余人，其中研究生3500余人；有教職醫護員工3500余人，其中博士生導師176人，碩士生導師828人。