福建醫科大學前身是創辦于1937年的福建省立醫學專科學校，1939年改名為福建省立醫學院，1949年改稱福建醫學院，1969年與福建中醫學院、華僑大學醫療系合并，成立福建醫科大學。1982年更名為福建醫學院，1996年4月更名為福建醫科大學。2003年，被福建省人民政府確定為重點建設高校，同年以良好的成績通過了教育部本科教學工作水平評估。
截至2020年7月，學校有上街、臺江2個校區，規劃占地約1500畝；設有21個學院（部），28個本科專業；有博士后科研流動站2個，博士后工作站4個，一級學科博士學位授權點6個，博士專業學位授權點2個，一級學科碩士學位授權點8個。碩士專業學位授權點6個；有教職醫護員工11900多人（含附屬醫院），在校全日制學生16000多人；有專任教師1595人，其中具有博士學位教師占43.7%，教授505人，副教授610人；學校博士點總數位居全國獨立設置醫學院校（含軍隊院校）第8名；有國家級重點學科（專科）12個，省級重點學科（專科）56個；擁有72個省部級科研平臺；擁有6所直屬附屬醫院，5所臨床醫學院，15所非直屬附屬醫院，23所臨床教學醫院。