“985工程”建設的總體思路是：以建設若干所世界一流大學和一批國際知名的高水平研究型大學為目標，建立高等學校新的管理體制和運行機制，牢牢抓住本世紀頭20年的重要戰略機遇期，集中資源，突出重點，體現特色，發揮優勢，堅持跨越式發展，走有中國特色的建設世界一流大學之路。
一、貫徹原則
（一）堅持以國家目標為導向。瞄準世界先進水平和國家重大需求，增進國家核心競爭力，解決國家建設的重大問題，通過“985工程”的建設，為全面建設小康社會做出貢獻。
（二）堅持改革和創新。深化高等學校內部管理體制和運行機制改革，為“985工程”建設的各項任務提供體制和機制的保障。
（三）堅持重點建設與整體統籌相結合。遵循科學的發展觀，要統籌和協調長遠目標與近期任務、人才培養與科學研究、學科建設與平臺構筑等關系，綜合集成推進建設世界一流大學和一批國際知名的高水平研究型大學進程。
二、建設目標
在2020年前后，形成一批達到國際先進水平的學科，使若干所大學躋身世界一流大學行列；使一批學校整體水平和國際影響力躍上一個新臺階，成為國際知名的高水平研究型大學；使一批學校成為特色鮮明的高水平研究型大學。
“985工程”建設學校的整體水平、綜合實力、自主創新能力進一步提高，國際競爭力進一步提升，在造就學術領軍人物和集聚創新團隊、培養拔尖創新人才、創新機制體制等方面取得突破。為建設創新型國家、實現從人力資源大國向人力資源強國轉變做出貢獻。到21世紀中葉有一批大學屹立于世界一流大學行列，其中一些學校位于世界一流大學前列，為實現中國建成中等發達國家的目標奠定基礎。